因為水質檢測儀表監測的污水中雜質多，環境差，經常容易導致在線水質檢測儀表測量產生誤差較大，或者損壞率高，極大地影響了污水處理廠在線水質監測的力度和自動化控制水平。
由于污水處理廠進水中污染物濃度較高、懸浮物較多，容易在采樣管道和分析儀器的進樣管形成污垢，因此需要針對性配置水樣預處理單元和選擇水質濃度相匹配的分析儀器量程。在選用設備時，一些自帶控制系統的大型設備配置的自控系統與廠內主要控制系統選型要一致，否則設備不易與廠內整個自控系統建立通訊，或建立通訊時需要投入較大的成本。另外，在運行過程中應建立一套詳細的維護與操作規程，如維護工作一定要提前計劃和準備相應的備品配件;定期對水質分析儀器進行標定和校正，清洗管道和預處理單元，以及更換消耗件和易損件;加強在線監測系統的日常管理等。
由于污水處理廠特殊的構筑物設計及大量地處理污水，污水處理廠發生雷擊現象普遍比較嚴重，對室外設備安全運行構成較大的威脅。對現場設備和儀表的二、三級防雷，防止出現被雷擊而使現場設備和水質分析儀表的損壞。如果為了控制工程造價而缺少這些設施，那么在今后的運行管理工作中將付出更大的代價。
