(1)水中PH值可改變水中物質的存在形式。
若水的PH值下降，則水中弱酸電離減少，水中的陰離子程度不同的轉化成分子形式存在，濃度下降，因而這些陰離子的絡合物及沉淀物也相繼分解或溶解，使游離態的離子濃度變大。
相反，若水中的PH升高，則水中弱堿電離減少，能轉化成分子形式存在，弱酸電離增大，改以酸根陰離子存在，金屬離子水解加劇，常形成氫氧化物、碳酸鹽的沉淀或膠體，使水中游離態濃度下降。有些物質在化學形式改變時，對生物的影響也隨之改變。
PH的改變還可直接危害水生生物。例如：酸性水可使魚的血液PH值下降，削弱血紅蛋白的載氧能力。使血中的氧分壓變小，造成缺氧癥。堿性過強的水則腐蝕魚的鰓組織。
(2)浮游植物對營養物質的吸收利用也受到PH制的影響。
pH值直接影響水質中微生物的繁殖。pH值不適，過酸或過堿，都會破壞水體生產的重要物質基礎，影響磷酸鹽和無機氧化物的供應。在酸性水體中，磷酸鹽溶解受到影響，進而影響整個水體的物質代謝過程，影響魚蝦的生長。
低PH值會抑制硝酸鹽還原酶的活性，可能導致植物缺氮;高PH值則妨礙藻類對鐵、碳的利用。PH值降至6以下時，會使一些大型枝角生物無法生存，許多有益微生物的活動也受阻抑，且固氮活性下降，有機物分解礦化速率降低，物質循環速率降低，能量轉化效率降低。
在養殖過程中，如果pH值過高或過低，都對魚類的生長和浮游生物的繁殖不利，還會導致由原生動物引起的魚病大量發生。當pH值在5-6.5之間，極易導致甲藻大量繁殖;當pH值大于8.5時，藍藻會大量生長，惡化水質。
因此，養殖水體中要定期使用微生態制劑及生物魚肥來調節水體中的菌相和藻相，使pH值在一定范圍內，減少疾病發生，促進魚類快速生長。
